We hadden niet anders verwacht. Na het succes van Sinterklaas en het geheim van het grote boek en Sinterklaas en de verdwenen pakjesboot is het nu tijd voor een nieuw sinterklaasavontuur: Sinterklaas en het pakjes mysterie, waarin de pakjes-Boeing een noodlanding moet maken en de Nederlandse pakjespakhuizen leeg blijken te zijn. En dat is - in een notendop - het hele verhaal.
Regisseur Martijn van Nellestijn en co hebben voor deze derde Sint-speelfilm duidelijk niet al te veel tijd en moeite aan de plot besteed - laat staan aan een acceptabele ontknoping. Wat ze er helaas niet van heeft weerhouden wel weer een onnodige gecompliceerde vertelstructuur te gebruiken.
De film springt heen en weer tussen Sint (Wim Rijken) en rechterhand Pieta in zijn Nederlandse pied-à-terre, de bemanning van de gestrande pakjes-Boeing en piet Diego en Gerard Joling op Schiermonnikoog. Ondertussen is er nog een verhaallijntje over de kwaadaardige Dr Brein (Pamela Teves, die haar schurkenlach inmiddels prima onder de knie heeft) die met handlangers Boris en Joris (Nellestijn zelf) eveneens op Schiermonnikoog is neergestreken. Haar duivelse plan? Stinkend rijk worden als hotelier. Mwoehaha!
De formule is inmiddels wel bekend: één Sint, een overdaad aan olijke pieten, een blik bekende Nederlanders en een handjevol schurken die zo uit Bassie en Adriaan weggelopen lijken te zijn.